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解糖系において、フルクトース-6-リン酸から生成される、フルクトースの1位と6位の炭素がリン酸化したフルクトースの誘導体。フルクトース-1,6-二リン酸とも呼ばれる。フルクトース-1,6-ビスリン酸は、アルドラーゼに触媒されグリセルアルデヒド-3-リン酸とジヒドロキシアセトンリン酸に代謝される。

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