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神経細胞や感覚器、口腔および肛門の組織、水晶体、内耳、皮膚などの上皮細胞に分化する胚葉。-羊膜上皮-表皮-原始口腔-原始肛門-神経

妊娠3週ごろに外胚葉の原始溝から胚盤の中心に発生する細胞層（胚葉）。骨や筋肉、心臓、腎臓、尿管、生殖器などの元となる。中胚葉はさらに、脊索突起、体節、側板に分化する。中胚葉は、やがて正中線上に位置する脊索突起（notochordal process）と、その左右に分節的に配列する体節（Somite）と、分節化せずに体節の外側（左右）に広がる側板（lateral plate）に分化する。始原生殖細胞の形成が中胚葉の遺伝子による働きであることが報告されている。

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