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最も内側に存在する胚葉。消化器（肝臓・膵臓）や呼吸器、尿路（膀胱・尿道）は内胚葉に由来する。

中胚葉の脊索突起から生じる、後に脊椎となる部位。

妊娠3週ごろに外胚葉の原始溝から胚盤の中心に発生する細胞層（胚葉）。骨や筋肉、心臓、腎臓、尿管、生殖器などの元となる。中胚葉はさらに、脊索突起、体節、側板に分化する。中胚葉は、やがて正中線上に位置する脊索突起（notochordal process）と、その左右に分節的に配列する体節（Somite）と、分節化せずに体節の外側（左右）に広がる側板（lateral plate）に分化する。始原生殖細胞の形成が中胚葉の遺伝子による働きであることが報告されている。

妊娠2週ごろに発生する、受精卵の中央を横切る外胚葉と内胚葉からなる細胞層。妊娠3週ごろには胚盤の中心に、外胚葉から発生した中胚葉が現れる。

分裂・増殖する細胞がそれぞれの役割に応じて機能などを変化させる現象。基本的に、一度分化した細胞は元には戻らないが、iPS細胞は未分化な状態に初期化（リプログラミング）することができる。

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