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多数のコンドロイチン硫酸鎖を持つ巨大なプロテオグリカン。軟骨に存在するプロテオグリカンの主要成分であり、軟骨の発生や成長後の骨格維持に重要。ヒアルロン酸と結合する。アグリカンは、そのコアタンパク質に多数の負に荷電したグルコサミノグリカン鎖を結合させることで、組織内に高浸透圧を発生させている。これが軟骨の圧負荷などに対する生物力学的特性をもたらす。変形性関節症などの関節の破壊が起こる疾患では、アグリカンの分解物が関節液中に確認されることが知られている。

マトリックスメタロプロテアーゼのひとつ。NF-κBの活性化により誘導される。脳梗塞後3時間経過後のtPAの投与によって活性化され、脳血管を構成するⅣ型コラーゲンを分解して脳出血を引き起こす原因となる。軟骨内骨化において、血管内皮細胞はMMP-9によって軟骨基質を分解しつつ血管新生を行い、軟骨内に侵入していくと考えられている。

軟骨基質の主要な分解酵素となるマトリックスメタロプロテアーゼ。3型コラゲナーゼとも。コラーゲン代謝のみならず、骨吸収と骨形成の両方を制御しており、骨粗鬆症の発症に寄与していることが報告されている。IL-13によって発現が抑制される。ウイルスが細胞に付着した際の刺激やインターフェロンの刺激で発現が千倍以上に上昇し、細胞外に大量に分泌される。MMP-13の働きを抑えるとインターフェロンによる炎症を促すケモカイン（IP-10やRANTES）の分泌が抑制される。

タンパク質にアミノ糖とウロン酸からなるグリコサミノグリカンが結合した、糖の割合が高い糖タンパク質。前駆体はグルコサミン。プロテオグリカンは糖鎖がコアタンパク質に結合したものであるため，広義では糖タンパク質の仲間だが、一般の糖タンパク質には見られない特徴を持つことから、プロテオグリカンの名で区別される。例えば、一部のグリコーゲンはタンパク質であるグリコゲニンに多量のグルコースが結合した糖タンパク質であり、プロテオグリカンのひとつである。

軟骨の組織。以下の構成要素が存在する。-細胞成分--軟骨芽細胞--軟骨細胞-軟骨基質-軟骨膜

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