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炭素原子による分子を基本骨格とする化合物の総称。かつては生物が生み出す物質と考えられていたが、1828年にフリードリヒ・ウェーラー（Friedrich Wöhler）によって、無機化合物であるシアン酸アンモニウムから有機化合物である尿素を人工的に合成可能であることが証明された。以下の物質は炭素を含むが、例外的に無機化合物に分類される。-黒鉛（石墨）-ダイヤモンド-炭酸カルシウムなどの鉱物-一酸化炭素、二酸化炭素などの気体タグ:

ベンゼンとピロールが縮合した構造を持つ芳香族有機化合物。インドリンの酸化物。分子式は C8H7N 大腸菌から産生され、大腸菌の細胞内情報伝達物質として働き遺伝子の発現に関わる。ヒトの便にも 250～1100 µM の濃度でインドールが含まれることが確認されている。

官能基のひとつ。分子に含まれる -OH のこと。ヒドロキシル基や水酸基とも呼ばれる。化学的にはヒドロキシ基を持つ物質をアルコールと呼ぶ。

ジーンズなどの染料に使用される藍色を呈す有機化合物。藍の葉の中のインディカンからインドキシルを経て生成される。

藍の葉に含まれる有機化合物。インドキシルの前駆体となる。インジカンとも呼ばれる。

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