CpG

DNAに存在する、シトシンとグアニンがホスホジエステル結合で結合した塩基配列（ジヌクレオチド）。CpGが多く存在する領域をCpGアイランドと呼ぶ。哺乳類のDNAのメチル化の多くはCpGで起こる。¹

細菌のゲノムDNAにはメチル化されていないCpG配列がある頻度で繰り返されており、これはTLR9を介して免疫を活性化する。哺乳類のゲノムDNAではCpG配列の頻度が少ない上に高頻度にメチル化されているため免疫賦活作用はない。²

一部のDNAウイルスにもCpG配列が存在している。例えば、HSV-2がTLR9を介してIFN-αを産生させることが報告されている。