負の選択

正の選択で残ったT細胞のうち、自己の分子に反応するものを取り除く仕組み。主に胸腺髄質で行われる（中枢トレランス）。

胸腺髄質上皮細胞は負の選択のために、ほとんどあらゆる遺伝子（他の臓器に固有の遺伝子を含む）からタンパク質を発現することができ、これを自己抗原として用意しT細胞に提示する。

各細胞は分担しあって、髄質上皮全体ではほとんどすべての遺伝子を発現するらしい。胸腺皮質で正の選択を経たT細胞のうち皮質上皮細胞または樹状細胞によって提示された自己抗原（エピトープ）を認識するものは、アポトーシスへ向かうシグナルを受け、死滅する。¹

この働きにはAIRE（autoimmune regulator）と呼ばれる遺伝子が関わるとされる。

B細胞にも、この負の選択に相当する処理が存在する。