20-カルボキシLTB4
20-カルボキシLTB4とは、アラキドン酸カスケードの代謝物であり、強力な炎症性脂質メディエーターであるロイコトリエンB4（LTB4）の主要な不活性化代謝物である。
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20-ヒドロキシLTB4
ω酸化によって生じる、20位がヒドロキシ化されたロイコトリエンB4。
21-ヒドロキシサフラシンA
21-ヒドロキシサフラシンA（21-hydroxysafracin A） サフラシンBを参照。
25(OH)ビタミンD3
カルシトリオールを参照。
25-ヒドロキシビタミンD3
ビタミンDが肝臓で25位のヒドロキシ化を受けて生成される有機化合物。活性型ビタミンD（1,25-ジヒドロキシビタミンD3）の前駆体。
27-ヒドロキシラーゼ
CYP27A1によって発現する酵素。アセチルCoAから胆汁酸が合成される反応に関わる。
2Fe-2S
鉄硫黄クラスターのひとつ。複合体Ⅲの構成要素。
2H-ベンゾチアジン
2H-ベンゾチアジンとは、ベンゼン環とチアジン環が縮合した構造を持つ複素環式化合物の一種であり、その基本骨格や誘導体は様々な医薬品や有機合成化学の中間体として重要な化学構造である。
2Sアルブミン
植物に含まれるタンパク質（アルブミン）。ゴマや大豆、ピーナッツなどに含まれ、アレルゲンとなる。
2ポアドメインカリウムチャネル
2つのポアドメインを持つカリウムチャネル。15種類のサブタイプが同定されている。K2Pチャネルとも。
2型リアノジン受容体
筋小胞体に発現するリアノジン受容体。カルシウムイオンの結合によってCICRのしきい値が下がる。
2型膜タンパク質
膜タンパク質の分類のひとつ。N末端が細胞内、C末端が細胞外に位置する。
2細胞期胚
受精卵が初めて細胞分裂を行い、2つの細胞となった状態。
2類感染症
国内で患者が発見され次第、医師が国に届け出をする必要がある感染症のグループのひとつ。
3,4,5-トリカフェオイルキナ酸
トリカフェオイルキナ酸のひとつ。
3,4,5-トリヒドロキシ安息香酸
3,4,5-トリヒドロキシ安息香酸（3,4,5-trihydroxybenzoic acid） 没食子酸を参照。
3,4,5-トリメチルフェネチルアミン
3,4,5-トリメチルフェネチルアミン（3,4,5-trimethoxyphenethylamine） メスカリンを参照。
3,4-ジカフェオイルキナ酸
ジカフェオイルキナ酸のひとつ。マルターゼに特異的かつ強力な阻害作用を発揮する。コーヒーの2%程度。
3,4-ジヒドロキシフェニルアラニン
3,4-ジヒドロキシフェニルアラニン（L-3,4-dihydroxyphenylalanine） L-ドーパを参照。
3,4-ジヒドロキシフェニル酢酸
ジヒドロキシフェニル酢酸を参照。
3,4-ジヒドロキシ安息香酸
3,4-ジヒドロキシ安息香酸（3,4-dihydroxybenzoic acid） プロトカテク酸を参照。
3,4-メチレンジオキシアンフェタミン
3,4-メチレンジオキシアンフェタミン MDMAを参照。
3,5-ジカフェオイルキナ酸
3,5-ジカフェオイルキナ酸とは、キナ酸の3位と5位にカフェ酸が結合したジカフェオイルキナ酸の異性体の一つであり、主にキク科やシソ科などの様々な植物に含まれるポリフェノールの一種である。
3,6-アンヒドロ-D-ガラクトース
ガラクトースの誘導体。カラギーナンの主鎖の構成要素となる。
3,6-アンヒドロ-L-ガラクトース
ガラクトースの誘導体。アガロースを構成する糖のひとつ。
3,7-ジメチルキサンチン
3,7-ジメチルキサンチン（3,7-dimethylxanthine） テオブロミンを参照。
3-O-フェルロイルキナ酸
3-フェルロイルキナ酸を参照。
3-O-硫酸化ガラクトシルセラミド
スフィンゴ糖脂質のひとつ。代表的なスルファチド。特に髄鞘に多く存在する。分子式は C48H93NO11S
3-PPP
3-PPP プレクラモルを参照。
3-アセチルピノバンクシン
3位がアセチル化されたピノバンクシン。
3-インドールメチルグルコシノレート
グルコブラシシンを参照。
3-ウレイドプロピオン酸
β-ウレイドプロピオン酸を参照。
3-カフェオイルキナ酸
カフェオイルキナ酸のひとつ。クロロゲン酸の異性体。
3-キヌクリジニルベンジラート
抗コリン薬のひとつ。ムスカリン受容体のリガンド。
3-クロロフェノール
m-クロロフェノールを参照。
3-ケトアシルCoA
β酸化において、アセチルCoAの前駆体となる物質。β-ケトアシルCoAとも。
3-ケトアシルCoAチオラーゼ
アセチルCoAヒドロラーゼを参照。
3-ケトアシルCoAレダクターゼ
3-ケトアシルCoAの3位のケト基をNADPH依存的に還元して3-ヒドロキシアシルCoAへと変換する反応を触媒する酵素。
3-ケトジヒドロスフィンゴシン
セラミドの生合成における中間代謝産物。パルミトイルCoAとL-セリンから合成される。
3-ケトジヒドロスフィンゴシンレダクターゼ
セラミドの生合成に関わるレダクターゼ。3-ケトジヒドロスフィンゴシンをジヒドロスフィンゴシンに還元する。
3-ケトスフィンガニン
セリンとパルミトイルCoAがセリンパルミトイル転移酵素の触媒によって縮合して生成される有機化合物。スフィンゴ脂質の生合成において最初に作られる。β-ケトスフィンガニンとも呼ばれる。
3-デオキシ-D-アラビノ-ヘプツロソン酸-7-リン酸
シキミ酸経路において、ホスホエノールピルビン酸とエリトロース-4-リン酸から生成される中間代謝産物。
3-デオキシアントシアニジン
アントシアニジンの3位のヒドロキシ基が離脱した構造を持つ化合物。
3-デオキシグルコソン
終末糖化産物のひとつ。メイラード反応における中間代謝産物。腎不全や糖尿病では血清と赤血球中の3-デオキシグルコソンの濃度が増加していることが知られている。
3-デスアセチルベクロニウム
ベクロニウムの代謝産物。ベクロニウムの80%程度の活性を持ち、水溶性で腎臓から排泄される。
3-デヒドロキシミ酸
シキミ酸の水素2つが外れた化学構造を持つ有機化合物。シキミ酸経路において3-デヒドロキナ酸から生成される中間代謝産物。
3-デヒドロキナ酸
キナ酸の水素2つが外れた化学構造を持つ有機化合物。シキミ酸経路において3-デオキシ-D-アラビノ-ヘプツロソン酸-7-リン酸から生成される中間代謝産物。
3-デヒドロレチナール
3-デヒドロレチナール（3-dehydroretinal） ビタミンA2のひとつ。
3-デヒドロレチノイン酸
ビタミンA2のひとつ。分子式は C20H26O2
3-デヒドロレチノール
ビタミンA2のひとつ。淡水魚から発見されたレチノイド。
3-ニトロプロピオン酸
ミトコンドリアの電子伝達系（複合体Ⅱ）を阻害する作用を持つ有機化合物。β-ニトロプロピオン酸とも。
3-ヒドロキシ-2-ブタノン
3-ヒドロキシ-2-ブタノン（3-hydroxy-2-butanone） アセトインを参照。
3-ヒドロキシ-3-メチルグルタリルCoA
ヒドロキシメチルグルタリルCoAを参照。
3-ヒドロキシアシルCoA
ミトコンドリアでのβ酸化において、エノイルCoAへの水分子の付加によって生じるヒドロキシ化されたアシルCoA。β-ヒドロキシアシルCoAとも。
3-ヒドロキシアシルCoAデヒドラターゼ
3-ヒドロキシアシルCoAの3位のヒドロキシ基を脱水によってトランス-2-エノイルCoAへと変換する反応を触媒する酵素。
3-ヒドロキシアントラニル酸
アントラニル酸の3位にヒドロキシ基が付加された誘導体。
3-ヒドロキシイソ吉草酸
イソ吉草酸の3位（β位）がヒドロキシ化した誘導体。ビオチン欠乏によって尿中に増加するため、ビオチン栄養状態の指標となる。3-ヒドロキシ-3-メチル酪酸とも。
3-ヒドロキシキヌレニン
キヌレニン経路において、キヌレニンがキヌレニン-3-モノオキシゲナーゼに触媒されて生成される有機化合物。
3-ヒドロキシフェニル酢酸
玉ねぎなどに多く含まれるポリフェノール（ケルセチン配糖体）の腸内細菌代謝物のひとつ。
3-ヒドロキシプロリン
ヒドロキシプロリンのひとつ。血液中に存在する。4種類の立体異性体がある。